Manizales, nov. 06 de 2013 - Agencia de Noticias UN- Como parte de los desarrollos sobre enfermedades genéticas, en la U.N. en Manizales se adelanta un trabajo para potenciar algoritmos que contribuyan a agilizar el procesamiento de datos del ADN.
En apoyo al trabajo del grupo GWAS (Genome-wide Association Studies), organización internacional dedicada a identificar cambios en el ADN para saber si un individuo tiene o no cierta enfermedad, Ana Lorena Uribe, docente e investigadora de la Sede Manizales, busca optimizar algoritmos que contribuyan a agilizar los procesos computacionales para obtener resultados más rápidos en esta área.
“GWAS ya tiene un conjunto de individuos identificados con enfermedades en los genes, y por medio de los algoritmos se puede deducir si otro individuo presenta un cuadro similar o saber si tiene nuevos cambios a nivel genético”, explicó la docente.
En los datos que se analizan hay paneles de referencia de 25 mil individuos, donde cada uno es un archivo cuyo ADN puede pesar entre una giga y un terabyte. A medida que crecen estas muestras, la capacidad de cómputo se va disminuyendo, por cuanto los tiempos de respuesta son más lentos, incluso pueden demorar días.
“Para tal fin, se implementan técnicas de paralelización que hacen que toda la infraestructura del computador, que actualmente maneja varios núcleos (líneas de ejecución) dentro del mismo procesador, se enfoque en lograr que los algoritmos corran de manera más eficiente”, manifestó la profesora Uribe Hurtado.
La idea es que el algoritmo logre ejecutar partes de su código sobre todos los núcleos del computador, y adicionalmente sobre la GPU (Unidad de Procesamiento Gráfico) que traen algunos equipos para optimizar la velocidad de entrega de los datos que procesan estos algoritmos.
Desde el punto de vista computacional, se espera aportar al avance de los algoritmos de asociación genética, claves para el desarrollo de la investigación en el área de bioinformática, especialmente para los estudios que se llevan a cabo en el Centro de Bioinformática y Biología Computacional (Bios) de Manizales.
(Por:Fin/AMEJ/CAPG/AC)